立法院於110年4月9日通過所得稅法修正案(俗稱房地合一稅2.0)，並自110年7月1日起施行。財政部隨即針對房地合一稅2.0提出「房地合一課徵所得稅申報作業要點」(下稱申報作業要點)草案，徵詢有關單位意見後，於110年6月30日發布修正後之申報作業要點，本文即以此為基礎就以下重要項目，說明其與房地合一稅1.0之差異及對營利事業之影響。
一、擴大課稅範圍
房地合一2.0主要目的是為了預防房地產之炒作行為，故對下列交易亦列入課稅範圍：
1.以設定地上權方式之房屋使用權
2.預售屋及其坐落基地
3.國內外營利事業出資額或股份其價值半數以上由我國境內房地產所構成，所有權人持有過半數出資額或股份，有移轉其出資額或股份者(以下簡稱符合一定條件股份或出資額之轉讓)，但上市、上櫃及興櫃股票之移轉不適用。
其中第1項原只適用於個人，房地合一稅2.0規定其亦適用於營利事業。
第2、3項則為新增，個人及營利事業均有其適用。
二、增訂取得日、交易日之規定
1.預售屋及其坐落基地之交易，其取得日及交易日係指訂定買賣契約之日。
2.符合一定條件股份或出資額之轉讓，其取得日及交易日之認定，屬證券交易稅條例所稱有價證券者，為買賣交割日，屬上開有價證券以外者，例如有限公司出資額之轉讓及未印製股票之股份有限公司股權之轉讓，則為訂定買賣契約之日。但若股份或出資額屬現金增資、股票公開承銷、公司設立時採發起或募集方式而取得者，其取得日為股款繳納日；以債權、財產或技術作價抵繳認股股款而取得者，為作價抵繳股款日；因公司盈餘或資本公積轉增資而取得者，為除權基準日；其他方式取得者，為實際交易發生日。
3.實施者依都市更新條例第三條第六款規定，實施都市更新事業所取得之新建建築物、房屋、土地，為都市更新事業計畫核定之日。
4.起造人依都市危險及老舊建築物加速重建條例規定完成重建所取得之房屋、土地，為重建計畫核准之日。
5.原土地所有權人以自有土地與營利事業合建分屋、依都市更新前述條例規定參與都市更新或依都市危險及老舊建築物加速重建條例規定參與重建分配取得土地，為所有權人原取得合建、參與都市更新或重建前土地之日。
三、對符合一定條件股份或出資額之轉讓的特殊規定
1.是否持有超過百分之五十之認定，係以其交易日起算前一年內任一日，直接或間接持有該國內外營利事業股份或出資額超過其他已發行股份總額或資本總額百分之五十認定。交易日起算前一年之期間末日在一百一十年六月三十日以前者，以一百一十年七月一日為期間末日。
2.所稱股權或出資額之「價值」之百分之五十以上係由中華民國境內之房屋、土地所構成，係指房屋、土地、房屋使用權、預售屋及其坐落基地之「價值」，占該營利事業全部股權或出資額「價值」之比率在百分之五十以上。
股權或出資額之價值，得以交易日前一年內最近一期經會計師查核簽證之財務報告之淨值計算；交易日前一年內無經會計師查核簽證之財務報告者，以交易日之該事業資產淨值計算之。但稽徵機關查得股權或出資額價值高於淨值者，按查得資料認定。
至於房屋、土地、房屋使用權、預售屋及其坐落基地之價值，應參酌下列時價資料認定：
(1)金融機構貸款評定之價格
(2)不動產估價師之估價資料
(3)大型仲介公司買賣資料扣除佣金加成估算之售價
(4)法院拍賣或財政部國有財產署等出售公有房屋、土地之價格
(5)報章雜誌所載市場價格
(6)其他具參考性之時價資料
(7)時價資料同時有數種時，得以其平均數認定。
3.持有期間之計算，係自股份或出資額取得日起算至交易之日止，並採先進先出法認定。
4.股份或出資額成本之計算方法，則依所得稅法第四十四條之規定採用個別認定法、先進先出法、加權平均法、移動平均法或其他經主管機關核定之方法計算之。
5.股份或出資額轉讓已依法課徵房地合一稅者，即不再依財產交易所得課徵所得稅，或依所得基本稅額條例之規定課徵基本稅額。
四、獨資、合夥房地交易之課稅
房地合一稅1.0對獨資、合夥之營利事業交易房地，原則上係將其交易所得併入該獨資、合夥事業之營利所得，直接歸課該獨資資本主或會影響組織合夥人之綜合所得稅。在房地合一稅實施前，因個人出售土地僅課徵土地增值稅，無需課徵綜合所得稅，故建設公司普遍採用與個人地主「合建分售」之模式經營，而個人地主因非單獨售地而係與建設公司合建而分割售地，常被稽徵機關認定屬營業人，將其售地所得視為營利所得，歸課個人地主之綜合所得稅。而財政部之訴願決定亦常有將合建分售之個人地主視為具有經常性及連續性之營利行為的情形(如104.11.3台財訴字第10413956800號、106.4.12台財法字10613912200號)。
因個人地主與建設公司合建分售究竟是否屬營利事業迭有爭議，故房地合一1.0特別在申報作業要點第18點規定認屬營利事業之情形，然而爭議仍多，例如第18點第1項第1款第3目個人以「持有期間」在2年內之土地與營利事業合建，所稱持有期間之計算日當以申報作業要點規定之土地取得日算至交易日為準，然有行政法院之判決認為應以地主購入土地至與建設公司合建之期間為準。另第18點第1項第2款所稱合建地主有「僱用員工協助處理土地銷售」，行政法院亦有判決合建地主將土地委託建設公司銷售即符合此規定之情形。此類情況常使納稅義務人無所適從。
所幸此次修正所得稅法在第二十四條之五增訂第六項規定：獨資、合夥組織營利事業交易房屋、土地，應由獨資資本主或合夥組織合夥人就該房屋、土地交易所得額，依第十四條之四至十四條之七規定課徵所得稅，不計入獨資、合夥組織營利事業之所得額。亦即獨資、合夥組織之營利事業交易房屋、土地之所得，由獨資資本主或合夥組織合夥人依持有期間按差別稅率課稅後，其盈餘不再視為營利所得歸課個人之綜合所得稅。據此，申報作業要點第十八點將合建之個人地主「認屬營利事業」之規定已無存在之必要，故予以刪除，未來此類爭議將不復存在。此外可望不復有因地主數人共同持有土地出售被認定為營利事業而課徵個人之營利所得之情形。
五、土地漲價總數額之減除規定
房地合一課稅所得之計算是以房地交易收入減成本減費用減土地漲價總數額。土地漲價總數額列為減項係因該金額已課徵土地增值稅，為避免重覆課稅，故予以減除。然而若土地增值稅稅率(例如最低的20%)若低於房地合一稅稅率(例如最高的45%)，將造成高報土地移轉現值，以墊高土地漲價總數額，來套取稅率差異之租稅利益。
在房地合一稅2.0為彌補此漏洞，故規定得減除之土地漲價總數額，以依公告土地現值所計算的數額為限，故自行申報移轉現值高於公告土地現值之部分不得減除，但因此所多繳納之土地增值稅則可列為費用減除。可減除之土地增值稅，依下列方式計算：〔(交易時申報移轉現值－交易時公告土地現值)/以申報移轉現值計算之土地漲價總數額〕x已納土地增值稅。
六、營利事業之申報繳納
房地合一稅2.0亦針對利用公司名義購入房地產再予以轉售以規避高稅率之投資者予以防堵。依房地合一稅1.0，此類投資者就其交易所得僅需課徵20%之營所稅，若加上未分配盈餘加徵亦僅為24%(20%+(1-20%)x5%)，低於用個人交易之最高稅率45%。故增訂所得稅法第二十四條之五第二項規定該房屋、土地之交易所得與個人同樣採用差別稅率，因此部分適用之稅率與營所稅稅率不同，且同樣採年度申報(不同於個人於交易日起30日內申報)，故規定須依其適用之稅率分開計算應納稅額再與該營利事業之其他所得之應納稅額合併報稅。
至於建設公司興建房屋出售(包括自地自建、合建分屋、合建分售、合建分成)，係屬供給不動產市場之生產性營業活動則不適用前述規定，而是適用第二十四條之五第四項之規定，其交易興建房屋完成後，第一次移轉之房屋及其坐落基地(依申報作業要點第二十五點規定，係指營利事業交易其以起造人申請建物所有權第一次登記所取得之房屋及其坐落基地)，仍依房地合一1.0之規定，適用20%之營所稅稅率。
但是，若建設公司除建屋出售外，另有買入房地產再予以出售，則該買賣房地產的所得即應依持有期間適用差別稅率分開計稅，再與建屋出售之應納稅額合併納稅。
其所得之計算依申報作業要點第二十一點之規定應就其成交價額減除原始取得成本及可直接合理明確歸屬或應分攤之費用、利息或損失、依公告土地現值計算之土地漲價總數額及依法可減除之土地增值稅。
若交易有數筆，除個別依上述規定計算外，屬於無法個別歸屬之費用，應依個別房屋、土地收入占全部房屋、土地總收入之比例計算分攤，無法個別歸屬之利息支出，應就利息支出大於利息收入之差額部分，按購買該房屋、土地之平均動用資金，佔全體可運用資金(含自有資金及借入資金)之比例為基準，採月平均餘額計算分攤之
此外，若營利事業以自有土地與建設公司合建分回房屋並予以出售，亦視同建設公司興建房屋出售，依第二十四條之五第二項第二款之規定，以土地取得之日起算至交易日雖在五年內亦適用20%之稅率。
至於個人以合建分售之方式與建設公司合建而出售土地，則仍然比照房地合一稅1.0之規定，自土地取得日起算至交易日雖在五年內，仍適用20%之稅率。(所得稅法第十四條之四第三項第一款第六目)
七、營利事業非自願性因素交易房地
營利事業因非自願之因素交易其持有期間在五年內之房地，若課以較高之稅率顯不合理，故財政部於110年6月11日發布台財稅字第11004575361號函規定下列屬非自願因素之情況，雖在五年內亦適用20%稅率：
1.營利事業依民法第七百九十六條第二項規定出售於取得土地前遭他人越界建築房屋部分之土地與房屋所有權人者。
2.營利事業因無力清償債務(包括欠稅)，其持有之房屋、土地依法遭強制執行而移轉所有權者。
3.營利事業與他人共有房屋或土地，因他共有人依土地法第三十四條之一規定未經其同意而交易該共有房屋或土地，致交易其應有部分者。
4.金融機構因行使抵押權而取得之房屋、土地，或因行使質權而取得所得稅法第四條之四第三項所定條件之股份，依銀行法第七十六條或其他法律準用該條規定應自取得之日起四年內處分者。
惟需注意上述情況若經稅捐稽徵機關查明有藉法律形式規避或減少納稅義務之安排或情事者，不適用之。
八、推計課稅
當計算個人房地交易所得時，若未提示因取得、改良及移轉而支付之費用者，在房屋合一稅1.0規定稽徵機關得按成交價額百分之五計算其費用。至於營利事業則無此規定，而係依提供之帳簿、憑證核實認定，若未提供帳簿、憑證供核，則依所得稅法第83條之規定，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準核定。
此次修法，對個人部分仍予以延用，但其比率則降為3%，且有最高三十萬元之限制，而對營利事業則增訂第二十四條之五第五項及申報作業要點第二十六點規定稽徵機關進行調查或復查時，營利事業未提示有關房屋、土地交易所得額之帳簿、文據者，稽徵機關應依查得資料核定；成本無查得資料者，得依原始取得時房屋評定現值及公告土地現值按政府發布之消費者物價指數調整後，核定其成本；股份或出資額按取得時該被投資國內外營利事業之每股淨值或出資額，核定其成本。費用無查得資料者，按成交價額百分之三計算，並以三十萬元為限。
依上述規定，營利事業若因未提供帳簿、憑證而遭稽徵機關核定，將造成稅負大幅增加，因房屋評定現值及公告土地現值通常會低於實際取得成本，且核定之費用亦可能低於實際發生之費用。